泥鰍的骨骼共有 234 塊，其中包括:頭骨 30 塊，眼窩內骨系 10 塊，鰓蓋骨系 12 塊，顎弓 8 塊，舌弓15塊，鰓弓 26 塊，中軸骨 109 塊，肩腰帶 16 塊，魏氏器 8 塊（背肋 30 余根全部除外）。
?、?頭骨:頭骨全長僅 25 毫米，前端由犁骨、鼻骨和前鼻骨組成 1 個約有 6 毫米2左右的三角形的面積，在三角形的中間隔以鼻骨大脊狀隆起，該隆起正嵌于左右額骨的愈合縫之間。而在三角形頂端有 3 個呈品字形的小圓突，此是前鼻骨的外端。頭骨總的形狀是前端尖而后端寬。
頭骨有前鼻骨 2 塊，鼻骨 1 塊，犁骨 2 塊，前額骨 2 塊，眶蝶骨 2 塊，捩骨 2 塊，額骨 2 塊，頂骨 2 塊，上枕骨 2 塊，外枕骨 2 塊，基枕骨 1 塊，鱗骨 2 塊，腭骨 1 塊，副蝶骨 1 塊，前耳骨 2 塊，上耳骨 2 塊，翼蝶骨 2 塊。
眼窩內骨系和眼窩外骨系:泥鰍的眼睛很小，在眼周圍找不到有骨骼的痕跡，泥鰍上下顎周圍有觸須可助其營感覺作用，另外泥鰍經常居住于泥土中，因此眼睛很小，所以其眼窩外骨系很可能是退化了。但眼窩內骨系則完全與鯉科魚類的一樣，仍有 5 對骨片組成，薄弱而小，但如果把在鰓蓋骨和眼窩后方之間的 3 塊肌肉掀開，則很清楚地看到薄而透明的這五對骨片。它們是翼骨 2 塊，前翼骨 2 塊，后翼骨 2 塊，方骨 2 塊，續骨 2 塊。
鰓蓋骨系:有前鰓蓋骨 2 塊，鰓蓋骨 2 塊，后鰓蓋骨 2 塊，間鰓蓋骨 2 塊。
顎弓:上顎有前頜骨 2 塊，上頜骨 2 塊；下顎有下頜骨2塊，關節骨 2 塊。
舌弓:共有15塊骨片組成，其中舌內骨 2 節，基舌骨1塊，角舌骨 3 對和鰓皮輻射骨 3 對。
鰓弓:第 1 一 4 對鰓骨的下鰓骨內弓上有小鋸齒狀突起。下鰓骨細長，上鰓骨背面有 1 個關節窩。第 5 對鰓弓即喉齒，共 15 枚，排列一行呈弓形線。第 1 齒很小，第 2 一 4 齒最大，同時高于其他各齒。從第 5 齒開始逐漸變小。在第 3 齒的外側和第 1 齒的下方各有細長的突起，該 2 個突起之間形成半圓形。另外左右的第 5 對鰓弓的自然狀態是相接著的。舌顎骨有 2 節，第 1 節較粗，第 2 節細小。鰓弓結構見圖。
?、?中軸骨:泥鰍的椎骨約有 49 一 51 個。第 4 一 29 椎體上著生有 24 一 26 對腹肋。中軸骨全長約 164 毫米。第 20 一 23 椎體背方的神經棘之間插有背鰭的鰭條 7 根。第 26 一 28 椎體的腹肋之間嵌著腹鰭的鰭條 5 根。第 31 一 33 椎體的脈弓之間嵌有臀鰭的鰭條 5 根。
泥鰍的中軸骨自第 3 椎骨開始有前關節突，但還不太顯著。第 4 一 27 椎體的前關節突已很顯著了。第 28 一 30 椎體有顯著的前關節突和不顯著的后關節突，第 31 一 50 椎體的后關節突也很清楚了。另外，第 4 一 49 椎體上還有橫突。第 32 椎體才開始有基突，第 33 一 50 椎體的基突很顯著。
③ 四肢骨:分肩帶和腰帶。肩帶有上鎖骨2 塊，鎖骨 2塊，烏喙骨2塊，肩胛骨2塊，鰭擔骨3塊，腰帶僅有無名骨2塊。
④魏氏器:有三角骨2塊，舟狀骨2塊，間插骨2塊，帶狀骨2塊。